Ukształtowana przez rzekę naturalna dolina zaczyna się w rejonie Osieka Wielkiego i ciągnie się na długości 11 km. Koło leśniczówki Zielona, struga płynie po bruku morenowym, tworząc wodospad o spadku do 2 m (cofa się rocznie około 1 m). Na pięciokilometrowym odcinku ujściowym do Wisły, położonym na wschód od wsi Cierpice potok płynie głębokim jarem, odznaczającym się dużymi walorami krajobrazowymi. Charakterystyczną cechą Zielonej Strugi w dolnym jej biegu jest silne meandrowanie, które powoduje przy wyższych stanach wody znaczną erozję boczną, przyczyniającą się do niszczenia brzegów. Erozja ta na wielu odcinkach ułatwiona jest przez wysięki wód gruntowych.
W rejonie Dybowa Struga łączy się z dopływem melioracyjnym o dł. 11,5 km, tzw. kanałem Podgórz-Dybowo. Średni przepływ przy ujściu wynosi 1 m³/s.
Dorzecze Powierzchnia całej zlewni Zielonej Strugi wynosi 238,3 km² i wykazuje wyraźną asymetrię. Dorzecze lewe obejmuje około 76 km², zaś prawe z wysoczyzną włącznie – 162 km². Dorzecze prawe zostało sztucznie powiększone działalnością melioracyjną, dzięki czemu szereg obszarów bezodpływowych leżących na wysoczyźnie włączono do zlewni Zielonej. Na asymetrię dorzecza ma wpływ obecność wydm piaszczystych pochodzenia eolicznego na obszarze Puszczy Bydgoskiej.