Sposoby zapobiegania fragmentacji Defragmentacja i optymalizacja Oprócz defragmentowania plików programów, narzędzie do defragmentacji może również skrócić czas ładowania programów i otwierania plików. Na przykład defragmentator systemu Windows 9x zawiera program Intel Application Launch Accelerator, który zoptymalizował programy na dysku, umieszczając zdefragmentowane pliki programów i ich zależności obok siebie, w kolejności, w jakiej program je ładuje, aby szybciej załadować te programy. Na początku dysku twardego ścieżki zewnętrzne mają wyższą szybkość przesyłania niż ścieżki wewnętrzne. Umieszczanie często odwiedzanych plików na zewnętrznych ścieżkach zwiększa wydajność. Zewnętrzne defragmentatory, takie jak MyDefrag, przenoszą często odwiedzane pliki na zewnętrzne ścieżki i defragmentują te pliki.
Partycjonowanie dysku Partycja może być traktowana jako podział lub „część” prawdziwego dysku twardego. Partycja jest w rzeczywistości logiczną separacją danego systemu plików od całego dysku.