Strawiona musi być też ściana komórkowa, a przede wszystkim strawieniu musi ulec DNA.
Zastosowanie In situ RT-PCR w tkankach roślinnych Pierwsze informacje na temat zastosowania metody in situ RT-PCR do wykrywania specyficznego transkryptu w tkankach roślinnych pojawiły się w 1995. Metodę in situ RT-PCR zastosowano do ustalenia miejsca akumulacji mRNA genu HIS 3i2 (dla histonu H1) w pojedynczej komórce korzenia groszku. Metodę in situ RT-PCR można zastosować do lokalizacji mRNA badanego genu w komórkach pozyskiwanych z tkanek jak i z zawiesin komórkowych bądź zawiesin protoplastówWoo H.H., Brigham L.A.., Hawes M.C., 1995. In-Cell RT-PCR in single, detected plant cell, Plant Mol. Biol., 28:1143-1147.
W 1997 pojawiło się doniesienie o zastosowaniu metody in situ RT-PCR do lokalizacji mRNA genów organellowych. Zlokalizowano mRNA genu dużej podjednostki karboksylazy rybulozo-1,5-bisfosforanowej (RBCL) występującego w plastydowym DNA. Transkrypt tego genu został zidentyfikowany w obrębie plastydówJohansen B., 1997.