Niemcy wypędzili jednak wszystkich cywilów z budynku, po czym pognali ich w kierunku fortu. Tam Polaków podzielono na dwie grupy – jedną złożoną z kobiet i dzieci, drugą z mężczyzn.
Po kilku godzinach do zatrzymanych przemówił niemiecki oficer, który oświadczył, że z zamieszkiwanego przez nich domu ostrzelano niemieckich żołnierzy, na skutek czego dwóch Niemców zostało zabitych, a jeden odniósł rany. Oficer zwrócił się następnie do kobiet i dzieci słowami: „wasi ojcowie, bracia bandyci zabili oficera i żołnierza niemieckiego, za co będą rozstrzelani”. Na koniec ogłosił, że kobiety i dzieci pozostaną na miejscu jako zakładnicy i zostaną rozstrzelane, jeżeli skazani na śmierć spróbowaliby stawiać opór lub uciekać.
Zaraz po tej przemowie niemieccy żołnierze zabrali mężczyzn nad tzw. rozlewisko przy Szosie Powązkowskiej, położone w pobliżu Fortu Bema i kościoła św. Jozafata. Było to ok. godziny 22.30. Na miejscu dwóch Niemców wybierało z grupy po jednej osobie, którą następnie odprowadzano kilkanaście metrów dalej i mordowano strzałem w tył głowy. Osoby dające oznaki życia dobijano. Po zakończeniu egzekucji żołnierze powrócili do Fortu Bema. Masakrę zdołali przeżyć dwaj mężczyźni – Władysław Bombel i Stefan Mielczarek (obaj odnieśli rany).