Odniesienia i upamiętnienie Osoba Stefana Mozołowskiego pojawiła się w publikacji pt. Piekło kobiet Tadeusza Boya-Żeleńskiego, według którego doktor określił proponowane przepisy karzące dokonywanie aborcji w Polsce jako bezsilne i szkodliwe.
Podczas „Jubileuszowego Zjazdu Koleżeńskiego b. Wychowanków Gimnazjum Męskiego w Sanoku w 70-lecie pierwszej Matury” 21 czerwca 1958 jego nazwisko zostało wymienione w apelu poległych w obronie Ojczyzny w latach 1939–1945 oraz na ustanowionej w budynku gimnazjum tablicy pamiątkowej poświęconej poległym i pomordowanym absolwentom gimnazjum.
W 1962 Stefan Mozołowski został upamiętniony wśród innych osób wymienionych na jednej z tablic Mauzoleum Ofiar II Wojny Światowej na obecnym Cmentarzu Centralnym w Sanoku.
Stefan Mozołowski został upamiętniony inskrypcją symboliczną na grobowcu na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 216), gdzie zostali pochowani jego żona Jadwiga, syn Andrzej (1925–1997) oraz ww.