Józef Flis (ur. 25 lutego 1949 roku w Majdanie na Lubelszczyźnie) – generał broni Wojska Polskiego w stanie spoczynku.
Służba wojskowa Służbę w WP rozpoczął w 1967 r. jako podchorąży Wyższej Szkoły Oficerskiej Wojsk Zmechanizowanych im. T. Kościuszki we Wrocławiu. Po ukończeniu szkoły pełnił służbę na stanowisku dowódcy plutonu i kompanii rozpoznawczej w 5 Kołobrzeskim Pułku Zmechanizowanym im. Otokara Jarosza w Szczecinie. W 1974 r. został wyznaczony na stanowisko dowódcy batalionu piechoty zmotoryzowanej w 41 Pułku Zmechanizowanym im. mjr Bronisława Lachowicza w Szczecinie. W 1975 r. objął stanowisko komendanta Szkoły Oficerów Rezerwy w Ośrodku Szkolenia Wojsk Lądowych w Elblągu. W 1977 r. skierowany na studia do Akademii Wojskowej im. M. Frunzego w Moskwie.
W 1980 został szefem sztabu, a w 1982 dowódcą 5 Kołobrzeskiego Pułku Zmechanizowanego. W 1984 r. wyznaczony na stanowisko szefa sztabu 8 Drezdeńskiej Dywizji Zmechanizowanej im. Bartosza Głowackiego w Koszalinie. W latach 1986–1988 był dowódcą 15 Dywizji Zmechanizowanej im. Gwardii Ludowej w Olsztynie.
Po ukończeniu Wojskowej Akademii Sztabu Generalnego SZ ZSRR w 1990 objął stanowisko zastępcy szefa Zarządu Operacyjno-Strategicznego Sztabu Generalnego WP.