W rezultacie połączonego z torturami śledztwa 57 strzelców skazano na śmierć, resztę zaś zesłano w odległe zakątki państwa carów. Po powrocie Piotra I, co nastąpiło 25 sierpnia, ponownie wszczęto na jego rozkaz dochodzenie. Połączone z wymyślnymi torturami śledztwo – w czym car z lubością uczestniczyłSerczyk, s. 85. – doprowadziło do skazania na śmierć 1182 strzelców. Dalsze egzekucje trwały do roku 1707. 601 najmłodszych „ułaskawiono” poddając ich karze chłosty, obcinając nosy i uszy, piętnując na policzkach rozpalonym żelazem i zsyłając w głąb cesarstwa. Nawet te pułki moskiewskie, które nie brały udziału w powstaniu, zostały rozwiązane, a strzelcy wraz z rodzinami zesłani na prowincję.
Ukarane zostały także przyrodnie siostry cara: Zofia pozostała nadal w Monasterze Nowodziewiczym, ale już nie jako carówna, lecz mniszka Zuzanna. Do końca życia pod drzwiami jej celi stał posterunek wojskowy. Identyczny los spotkał Marfę Aleksiejewnę, czyli mniszkę Małgorzatę, zesłaną do Monasteru Uspieńskiego w Słobodzie Aleksandrowskiej ok. 80 km od MoskwySerczyk, s.