W styczniu 1905 roku przystąpiono do przebudowy kościoła według planu Oskara Hossefelda, a pracami kierował Hubert Kratz. Od tej pory nabożeństwa dla wiernych tej parafii odbywały się w innym ewangelickim kościele – kościele Piotra i Pawła. W tym czasie wybudowano trójprzęsłową zakrystię, nadbudowano mury, we wnętrzu wzniesiono lożę książęcą i emporę organową. Podczas prac remontowych zostały zlikwidowane wewnętrzne empory boczne oraz wykonane nowe witraże. Wnętrze kościoła pomalowano w jasnym kolorze, a filary w geometryczne wzory „mauretańskie”, które wykonał prof. August Oetken z Berlina. Rozległe roboty objęły także wieże, dach oraz południowe dobudowane kaplice.
W 1905 roku firma Rudolfa Otto Mayera z Berlina zamontowała w kościele 17 000 mb centralnego ogrzewania. Kościół został też jako jedyny w Legnicy wyposażony w oświetlenie gazowe.
Prace ukończono tak szybko, że już 31 maja 1906 r. mogła mieć miejsce uroczystość poświęcenia kościoła, a w roku 1908 zamontowano ostatnie ławki i witraże. 9 czerwca 1908 r. kościół Marii Panny został ponownie przekazany do użytku parafii ewangelickiej w obecności cesarza Wilhelma II.