Wcześniej znajdowały się w dużej krypcie pod posadzką nieistniejącego kościoła gotyckiego, gdzie chowano członków rodziny Piastów z linii legnicko-brzeskiej od XVI do XVII w.
Sarkofagi Jerzego Wilhelma i jego rodziców wykonano z posrebrzonej miedzi i ozdobiono nakładaną, pozłacaną dekoracją trybowaną, ich wartość artystyczna uchodzi za wybitną. Powstały na przełomie 1675 i 1676 r. sarkofag młodego księcia opiera się na czterech figurach, które są alegoriami cnót dobrego władcy. Kwiat aloesu na tarczach symbolizuje śmierć piętnastoletniego władcy, przełamana tarcza herbowa pod mitrą książęcą oznacza koniec dynastii. Kwiaty słonecznika na wieku mówią o nadziei na zmartwychwstanie i życie wieczne.
Na początku XVIII w. rozebrano gotycką nawę kościoła św. Jana, niszcząc wyposażenie wnętrza, także piastowskie pomniki. Ocalono jedynie dawny chór z mauzoleum, które jako boczną kaplicę włączono w bryłę nowego, barokowego kościoła. Ten układ pozostał do dziś.
Mauzoleum Piastów będące częścią świątyni stanowi własność Kościoła katolickiego, ruchem turystycznym w nim kieruje sąsiadujące z kościołem Muzeum Miedzi w Legnicy.