Opady w kraju są niskie, średnia roczna suma opadów wynosi 150 mm. Najniższe opady występują na południowym wschodzie kraju, oscylując w granicach 80 mm. Na przedgórzach dochodzą do 300 mm, a w górach Kopet-Dag do 400 mm rocznie. Do częstych zjawisk należą burze pyłowe i gorący wiatr fenowy zwany garmsil, który podnosi temperaturę i obniża wilgotność powietrza. Turkmenistan tak jak inne kraje o wybitnie kontynentalnym klimacie Środkowej Azji cechuje się niskim zachmurzeniem powietrza.
Wody Cały kraj leży w strefie bezodpływowej. Większość kraju to tereny pozbawione stałych rzek. Głównym źródłem wód rzecznych są wysokie góry, zarówno te w Turkmenistanie, jak i te poza granicami kraju. Wszystkie te cieki wodne płynąc przez Turkmenistan, giną na pustyni Kara-Kum. Zasoby wodne kraju są bardzo skromne. Główne rzeki kraju to Amu-daria, która wypływa z Hindukuszu i płynie przez północno-wschodnią i północną część Turkmenistanu i dalej płynie na północ przez Uzbekistan i w końcu uchodzi (najczęściej wysycha) do Jeziora Aralskiego. Inne ważne rzeki to: Tedżen i Murgab na południowym wschodzie kraju. Poza nimi występują krótkie rzeki górskie na południu, które giną w piaskach Kara-Kum. Nad Morzem Kaspijskim licznie występują słone bagna.