W styczniu 2007 Rodríguez, wraz z kolegą klubowym Oswaldo Sánchezem, został piłkarzem walczącej wówczas o utrzymanie drużyny Santos Laguna z miasta Torreón. Od razu wywalczył sobie niepodważalne miejsce w wyjściowej jedenastce, a jego ekipa dołączyła niebawem do grona najlepszych w kraju. W sezonie Clausura 2008 zdobył drugi w karierze tytuł mistrza Meksyku. W wiosennych rozgrywkach Bicentenario 2010 zanotował z kolei wicemistrzostwo kraju i sukces ten powtórzył również pół roku później, w sezonie Apertura 2010. Po raz piąty wicemistrzem Meksyku został w rozgrywkach Apertura 2011 i wówczas także został wybrany w plebiscycie FMF najlepszym defensywnym pomocnikiem ligi meksykańskiej. W sezonie Clausura 2012 wywalczył swoje trzecie mistrzostwo Meksyku i powtórzył indywidualny sukces w plebiscycie FMF sprzed sześciu miesięcy. Ponadto dwa razy z rzędu – w 2012 i 2013 roku – docierał także z Santosem Laguna do finału Ligi Mistrzów CONCACAF, zaś w sezonie Apertura 2014 zdobył puchar Meksyku – Copa MX. Łącznie w Santosie Laguna grał przez osiem lat – jest uznawany za jedną z największych legend klubu, z 342 meczami na koncie jest piłkarzem, który rozegrał najwięcej meczów dla zespołu w jego historii.