Zaraz po powrocie do Pachuki, Aguilar za sprawą szkoleniowca Enrique Mezy zadebiutował w meksykańskiej Primera División, 6 sierpnia 2006 w przegranym 2:3 spotkaniu z Cruz Azul, w którym zdobył także premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej. W tym samym roku wygrał ze swoim klubem drugi co do ważności turniej klubowy Ameryki Południowej – Copa Sudamericana. Najbardziej obfitującym w sukcesy okresem gry w Pachuce był dla młodego zawodnika 2007 rok – wówczas wywalczył on wraz z zespołem mistrzostwo Meksyku w wiosennych rozgrywkach Clausura 2007, zajął drugie miejsce w Recopa Sudamericana, a także zdobył Puchar Mistrzów CONCACAF i triumfował w rozgrywkach SuperLigi. Przedostatnie z wymienionych osiągnięć powtórzył również rok później, za to w 2009 roku zajął drugie miejsce w InterLidze, a także zdobył wicemistrzostwo Meksyku w sezonie Clausura 2009. W 2010 roku po raz trzeci triumfował z Pachucą w Lidze Mistrzów CONCACAF. W barwach swojego macierzystego klubu trzykrotnie – w latach 2007, 2008 i 2010 – brał udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, jednak bez sukcesów, zajmując na nich odpowiednio szóste, czwarte i piąte miejsce.