Pod koniec XIX wieku teoria (choć błędna w założeniach) stała się impulsem do poprawy warunków sanitarnych w dużych miastach, polegającej na założeniu instalacji doprowadzającej bieżącą wodę do mieszkań i odprowadzającej nieczystości (tzw. „rewolucja sanitarna”). Zwolenniczką miazmatycznej teorii chorób była pionierka nowoczesnego pielęgniarstwa Florence Nightingale, która zaangażowała się w walkę o czyste, pełne powietrza i świeżo pachnące szpitale, tak aby pacjent oddychał powietrzem równie czystym jak na zewnątrz.
Miazmatyczna teoria chorób została obalona przez odkrycia Ludwika Pasteura, Josepha Listera, Roberta Kocha i Johna Snowa w drugiej połowie XIX wieku na rzecz teorii zakaźnej chorób, według której choroby zakaźne są przenoszone z człowieka na człowieka poprzez czynniki zakaźne w bezpośrednim kontakcie z chorym lub za pośrednictwem wody, jedzenia czy powietrza. Nie wszyscy naukowcy w pełni zaakceptowali nową teorię roznoszenia chorób zakaźnych przez mikroby, np. William Farr i Max von Pettenkofer zgadzali się, że czynniki zakaźne odgrywają pewną rolę w powstawaniu chorób epidemicznych, ale nie zgadzali się z tym, że są ich główną przyczyną. Aby udowodnić swój pogląd, Von Pettenkofer wypił szklankę wody skażonej zarazkiem Vibrio cholerae.