30 marca 2006 Prezes Rady Ministrów Kazimierz Marcinkiewicz, przedstawiciel Bloku Zjednoczonych Sił Demokratycznych na Białorusi Alaksandr Milinkiewicz oraz Rektorzy Konferencji Rektorów Uniwersytetów Polskich (KRUP) i Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich (KRASP) podpisali uroczyście „List intencyjny” będący podstawą utworzenia Programu. Wydarzenie miało miejsce w Auli im. Adama Mickiewicza na Uniwersytecie Warszawskim w obecności kilkuset studentów, pracowników naukowych i gości.
Programowi nadano imię Konstantego Kalinowskiego, urodzonego w 1838 powstańca styczniowego, pełnomocnika rządu powstańczego w Wielkim Księstwie Litewskim, powieszonego przez władze rosyjskie w Wilnie w 1864, zasłużonego dla obrony białoruskiej tożsamości i kultury, który cieszy się wielkim szacunkiem u świadomych narodowo Białorusinów.
Inauguracja Programu odbyła się 5 lipca 2006.