W styczniu 1945 roku Flotylla przeszła do Modlina. Wiadomo już było, że Flotylla zostanie przerzucona na teren Niemiec. 17 marca, po ustąpieniu lodów, Flotylla rozpoczęła marsz na zachód. W kwietniu okręty doszły do Kostrzyna. Sześć BKA (ze składu Flotylli) odłączono od reszty: popłynęły w dół Wisły, do Gdańska i tam weszły w skład Floty Bałtyckiej.
Z dniem 9 maja 1945 roku Flotylla została rozwiązana.
Skład thumb|Dniepr z dorzeczem Kutry opancerzone – typu 1125 Kutry opancerzone – typu 1124 Kutry rakietowe – typu Ja-5 Kutry trałowe – typu K-15-MG-17 Kutry trałowe – typu MSW-38 Kutry trałowe – typu K-18 Kutry dozorowe – typu A Kutry – PWO Półglisery – typu NKL-27 Bateria pływająca – PAB
Poszczególne jednostki i oddziały bojowe flotylli w latach 1943-1945 Wrzesień 1943 r. 2 gwardyjski dywizjon kutrów opancerzonych 3 gwardyjski oddział kutrów opancerzonych: Kutry opancerzone – Nr 11, Nr 12, Nr 13, Nr 42, Nr 43 (wszystkie typu 1125) 4 gwardyjski oddział kutrów opancerzonych: Kutry opancerzone – Nr 14, Nr 41, Nr 44, Nr 92, Nr 93 (wszystkie typu 1125) 1 oddział kutrów rakietowych: Kutry rakietowe – Ja-1, Ja-2, Ja-3, Ja-4, Ja-10 (typu Ja-5) 1 oddział kutrów PWO Kutry – PWO-20, PWO-21, PWO-22, PWO-23, PWO-24, PWO-25, PWO-26, PWO-27, PWO-28, PWO-29 1 oddział kutrów trałowych Kutry trałowe – RTSzcz-120, RTSzcz-140,