Okres okupacji spędził w Tarnowie, gdzie pracował w Muzeum Diecezjalnym.
Po wyzwoleniu miasta Józef Dutkiewicz brał udział w zabezpieczaniu zabytków podworskich w okolicach Tarnowa, a pozyskane w ten sposób dzieła sztuki zapoczątkowały zbiory Muzeum Ziemi Tarnowskiej w Tarnowie, którym kierował w latach 1945–1950. Równocześnie od 1946 roku był wojewódzkim i miejskim konserwatorem zabytków w Krakowie. W Tarnowie tworzył miejscowe struktury Związku Polskich Artystów Plastyków, których był pierwszym powojennym prezesem. Od 1949 roku pracował jako wykładowca krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych, został między innymi pierwszym dziekanem Wydziału Konserwacji (1950–1956), a po zmianach organizacyjnych kierownikiem samodzielnego Studium Konserwacji Dzieł Sztuki (1957–1965) i kolejno kierownikiem Studium Konserwacji Dzieł Sztuki działającego w ramach Wydziału Malarstwa i Grafiki (1965-1968).