Trudności związane z implementacją metodologii samooceny kontroli Niechęć do zmian. Ludzie generalnie wolą stabilność. Implementacja CSA wiąże się ze zmianą dotychczasowego porządku w ściśle określonym zakresie i pod tym właśnie względem może napotykać opory zarówno po stronie kadry kierowniczej jak i pracowników niższych szczebli. Mentalność kierownictwa, które może twierdzić, że nie ma potrzeby obarczać pracowników niższych szczebli oceną systemu kontroli czy działaniami z zakresu zarządzania ryzykiem. W ostateczności są to czynności za które odpowiadają audytorzy wewnętrzni i przenoszenie ich na innych pracowników może być odbierane jako chęć pozbycia się części ze swych obowiązków. Brak konstruktywnych wniosków, wynikający z braku wiedzy uczestników lub audytora wewnętrznego, który nie potrafi odnaleźć właściwej przyczyny rozpoznanych problemów Brak odpowiedniego merytorycznego przygotowania uczestników. Prośba o ocenę mechanizmów kontroli i ryzyka skierowana do pracowników, wymaga uprzedniego przygotowania. Powoduje to konieczność organizowania szkoleń i czasochłonnego zaangażowania pracowników w działania inne niż ich dotychczasowe obowiązki.