W latach następnych (1994-1996) teren cmentarza wiele razy badano metodami archeologicznymi. Pozwoliło to zrekonstruować jego topografię i precyzyjnie zlokalizować znajdujące się tam groby. Podczas prac ekipy prof. Andrzeja Kola odnaleziono kilkadziesiąt grobów masowych, przy czym w kilkunastu spoczywały tylko zwłoki Polaków, a 347 osób udało się zidentyfikować m.in. dzięki znalezionym przy nich dokumentom. Duża część grobów w tym miejscu, zawierała szczątki sowieckich ofiar egzekucji z okresu wielkiej czystki.
W czasie prac związanych z ekshumacjami obecni byli bliscy krewni ofiar, m.in. prof. Maria Blomberg, córka zamordowanego w Charkowie rotmistrza Jana Kossowskiego, dr n.med. Ewa Gruner-Żarnoch, córka zamordowanego w Charkowie por. Juliana Grunera, lekarza pediatry i wybitnego lekkoatlety czy też inż. Jędrzej Tucholski, syn zamordowanego w Katyniu por. rez. dr Tadeusza Tucholskiego, a także ks. Zdzisław Peszkowski, żołnierz kampanii wrześniowej 1939, krewny zamordowanego w Katyniu por. Romana Peszkowskiego.