Na czele 7 pułku ułanów walczył w kampanii wrześniowej. W końcu września w niejasnych okolicznościach dostał się do niewoli sowieckiej. Istnieją różne wersje tego wydarzenia, według jednej został schwytany po odniesieniu ran w walce, według drugiej został aresztowany w cywilnym ubraniu przez bojówkarzy ukraińskich. 30 września 1939 roku zatrzymany przez żołnierzy Armii Czerwonej w m. Krukienice. Postrzelony podczas próby ucieczki, zmarł w szpitalu w Mościskach, gdzie został pochowany na miejscowym cmentarzu.
Marian Skrzynecki był żonaty z Magdaleną Adelą Edelman, z którą miał dwóch synów: Józefa i Piotra.
Zdaniem Andrzeja Kunerta był potomkiem naczelnego wodza powstania listopadowego Jana Skrzyneckiego, choć autorzy biogramu tego ostatniego w Polskim Słowniku Biograficznym twierdzą, że ten nie miał żadnych synów, a jedynie dwie niezamężne córkiHenryk Żaliński: Skrzynecki Jan Zygmunt. W: Polski Słownik Biograficzny (T. XXXVIII). 1998, s. 442–448.