łączny poziom wsparcia dla firmy ze wszystkich źródeł nie może przekroczyć wspomnianych 30–70% nakładów inwestycyjnych); wsparcie administracyjne ze strony spółek zarządzających SSE w kwestiach prawnych i organizacyjnych związanych z realizacją inwestycji (dostawcy mediów, władze lokalne etc.) oraz tzw. opieka poinwestycyjna.
Wady działalności w SSE obowiązek poniesienia określonych nakładów oraz prowadzenia działalności przez 3 lub 5 lat, co może być trudne w sytuacji nagłego pogorszenia się warunków rynkowych lub zmiany strategii przedsiębiorstwa; tzw. opłata strefowa (administracyjna) na pokrycie kosztów administracyjnych spółki zarządzającej SSE ponoszona w całym okresie posiadania przez firmę zezwolenia na prowadzenie działalności na terenie strefy; dodatkowe obowiązki związane ze sprawozdawczością oraz większa liczba kontroli związanych m.in. z wypełnianiem warunków zezwolenia oraz prawidłowości korzystania z pomocy publicznej przeprowadzanych przez organy podatkowe; w przypadku kiedy firma prowadzi działalność zarówno w SSE, jak i poza strefą, konieczność prowadzenia wyodrębnionej księgowości;