Wyświęcił również kolejnych biskupów na potrzeby tej struktury. Jego działalność została 28 marca 1942 potępiona przez Cerkiew Rosyjską, gdyż w swoich działaniach biskup Polikarp toczył otwartą walkę z Ukraińskim Autonomicznym Kościołem Prawosławnym, popierał również działalność Organizacji Ukraińskich Nacjonalistów (OUN). Był podejrzewany o zainspirowanie śmierci arcybiskupa Aleksego (Gromadzkiego), zabitego w zasadzce w Smydze przez oddział OUN-M (według jednej z wersji prawdopodobnie pomyłkowoG. Motyka, Ukraińska partyzantka 1942–1960, Warszawa 2006 Wyd. Instytut Studiów Politycznych PAN, Oficyna Wydawnicza „Rytm”, s. 203, .).
W okresie II wojny światowej otwarcie popierał nazizm. W marcu 1943 w liście do wiernych pisał o wojnie między narodem „chrześcijańsko-europejskim” i „żydowsko-komunistycznym”, do młodzieży apelował o dobrowolne wyjazdy na roboty do Rzeszy. 10 kwietnia 1942 polecał odprawić w podległych sobie parafiach nabożeństwo dziękczynne w dniu 20 kwietnia, w ramach którego nakazywał również wygłaszanie homilii o znaczeniu „geniuszu Adolfa Hitlera” dla Ukraińców.