Systematyka W obrębie rodziny rodzaj Tetroncium zajmuje pozycję bazalną. Cycnogeton i Triglochin są siostrzane względem siebie, a wyodrębniany dawniej gatunek Lilaea scilloides (w tym także wyodrębniany we własną rodzinę Lilaeaceae np. w systemie Hutchinsona z 1959) okazał się zagnieżdżony w obrębie rodzaju Triglochin, w którym jest siostrzany dla kompleksu T. bulbosa. Z kolei zaliczany tu dawniej monotypowy rodzaj Maundia z gatunkiem M. triglochinoides okazał się siostrzany dla kladu obejmującego rodziny Potamogetonaceae i Posidoniaceae i w efekcie został wyodrębniony w osobną rodzinę.
Rodzina od dawna uznawana jest za blisko spokrewnioną z bagnicowatymi Scheuchzeriaceae (łączy je m.in. obecność specyficznego dla nich glikozydu cyjanogennego triglochininy). Obie rodziny sytuowane były tradycyjnie w rzędzie Zosterales (np. w systemie Cronquista z 1981), przy czym wskazywano też na związki z rzędem żabieńcowców Alismatales, do którego w końcu włączono je wraz z resztą Zosterales.