Nowak ogłasza też publikacje z botaniki. Należy do Polskiego Towarzystwa Botanicznego i Ligi Ochrony Przyrody, już w czasie studiów wrocławskich na początku lat 50. brał udział w pracach badawczych w ramach programu „Flora Exsiccata Silesiaca”. Odbywał podróże botaniczne w czasie pracy misyjnej, m.in. w Rwandzie, Burundi i Zairze, przygotowując z tych wypraw zielniki. Z publikacji botanicznych można wymienić: Niektóre rzadsze rośliny naczyniowe występujące na torfowisku Całowanie („Fragmenta Floristica et Geobotanica”, 1967), Nowe stanowiska interesujących i rzadszych roślin na Nizinie Mazowieckiej („Fragmenta Floristica et Geobotanica”, 1972), Flora strefy podmiejskiej Warszawy („Monographiae Botanicae”, 1983), Aconitum vulparia (Ranunculaceae) nowy nabytek dla flory Polski („Fragmenta Floristica et Geobotanica”, 1991), Przemiany we florze i roślinności Grojca pod wpływem antropopresji („Karta Groni”, 1993). Kilka prac dotyczących badań prowadzonych w Afryce ogłosił po francusku i angielsku, m.in. Pteridophytes collected in the Kivu Zone of Zaire („Acta Societatis Botanicorum Poloniae”, 1992, z Janem Kornasiem), Atlas of distributions of pteridophytes in Rwanda (Central Africa) („Zeszyty Naukowe Uniwersytetu Jagiellońskiego.