Służba jako okręt Tuż przed wybuchem II wojny światowej, 28 sierpnia 1939 roku, statek został zmobilizowany przez Marynarkę Wojenną. Jako ORP "Gdańsk" przeznaczony został do służby pomocniczej (okręt-baza flotylli kutrów trałowych – zmobilizowanych kutrów rybackich, bez uzbrojenia). Dowództwo jego objął dotychczasowy kapitan, porucznik marynarki w stanie spoczynku Julian Laskowski, a obsadę stanowili cywile, niezmobilizowani członkowie stałej załogi. Okrętu nie zdążono przemalować i pozostał w pokojowym, białym, dobrze widocznym malowaniuJ. Miciński, Księga..., s. 244-248.
2 września 1939 ORP "Gdańsk" był zakotwiczony w głębi Zatoki Puckiej na wysokości Mechelinek. Po godz. 11:30 został tam uszkodzony przez niemieckie bombowce nurkujące Junkers Ju 87 Stuka z dywizjonu IV/LG.1Jürgen Rohwer, Chronik des Seekrieges 1939-1945 [dostęp 23-10-2010]. Okręt powoli tonął na skutek bliskich trafień bomb, dzięki czemu uratowała się cała załoga, oprócz starszego oficera por. Müllera, który zginął w wypadku przy spuszczaniu łodzi. Podczas tego samego nalotu na "Gdyni" zginęło kilkadziesiąt osób. Według relacji, 4 września opuszczony i tonący okręt został osadzony na dnie w rejonie Mechelinek. W roku 1940 statek został podniesiony przez Niemców, lecz brak jest informacji odnośnie do jego ewentualnego remontu i wykorzystania.