Członkowie Komitetu posiadają immunitet dyplomatyczny, a jego siedziba w Moskwie jest eksterytorialna.
Komitet jest nadzorowany przez Radę Lotnictwa i Nadzorowania Przestrzeni Powietrznej, powołaną przez Wspólnotę Niepodległych Państw. W skład Rady Lotnictwa wchodzi po dwóch przedstawicieli każdego z państw wchodzących w skład Komitetu – osoba kierująca w danym kraju urzędem zarządzającym sprawami lotnictwa oraz dowódca sił powietrznych. Decyzje Rady Lotnictwa zapadają jednogłośnie.
Po katastrofie polskiego Tu-154 w Smoleńsku (2010) w pracach komisji powołanej przez Międzypaństwowy Komitet Lotniczy i rosyjskie Ministerstwo Obrony w celu zbadania i ustalenia przyczyn katastrofy (ros.) brał udział jako akredytowany przedstawiciel Polski (w oparciu o Załącznik 13 do Konwencji chicagowskiej z 1944 roku o międzynarodowym lotnictwie cywilnymKonwencja o międzynarodowym lotnictwie cywilnym, podpisana w Chicago dnia 7 grudnia 1944 r. – Konwencja chicagowska (Dz. U z 1959 r. Nr 35, poz. 212, z późn. zm.)) przewodniczący polskiej Państwowej Komisji Badania Wypadków Lotniczych (PKBWL) Edmund Klich.
Kontrowersje Decyzje i orzeczenia Komitetu wywoływały niekiedy kontrowersje.