Podczas swojej pierwszej kadencji w Pumas poważniejszych osiągnięć nie zdołał również odnieść w innych rozgrywkach, lecz kilkakrotnie współpracował z Meksykańskim Związkiem Piłki Nożnej – w czerwcu 1993 poprowadził występującą w rezerwowym składzie reprezentację Meksyku w towarzyskim meczu z Kostaryką (2:0); pierwsza kadra pod kierownictwem Miguela Mejíi Baróna przebywała wówczas w Ekwadorze, biorąc udział w turnieju Copa América. W 1995 poprowadził natomiast młodzieżową reprezentację Meksyku podczas prestiżowego Turnieju w Tulonie – jego podopieczni odpadli jednak już w fazie grupowej, zajmując w niej trzecie miejsce po zanotowaniu dwóch zwycięstw (2:1 ze Szkocją i 1:0 z Koreą Płd.) i porażki (0:5 z Francją). W sumie jako trener spędził w Pumas pięć lat (ogólny bilans: 192 ligowe mecze – 77 zwycięstw/55 remisów/60 porażek).