Funkcjonowanie Kościoła w Jugosławii i po jej upadku mały|200px|Mikołaj (Velimirović)
Po powstaniu w 1941 Niezależnego Państwa Chorwackiego prawosławni Serbowie stali się ofiarami gwałtownych represji ze strony chorwackich nacjonalistów. Kilku hierarchów Serbskiego Kościoła Prawosławnego (metropolita Dabaru i Bośni Piotr, metropolita Zagrzebia Dosyteusz, biskup banjalucki Platon, biskup górnokarłowicki Sawa) zostało zamordowanych. Władze chorwackie zainicjowały powstanie rozłamowego Chorwackiego Kościoła Prawosławnego, który działał do upadku Niezależnego Państwa Chorwackiego w 1945Српски расколници прослављају усташе као свештеномученике.
W socjalistycznej Jugosławii państwo i Kościół zostały oddzielone, zaś rola Patriarchatu Serbskiego w życiu społecznym gwałtownie spadła. Władze Jugosławii wymusiły powstanie autokefalicznego Kościoła prawosławnego w Macedonii, którego kanoniczności nie uznał Serbski Kościół Prawosławny. Nigdy nie podjęły jednak próby całkowitej likwidacji Kościoła prawosławnego w kraju (prawosławni stanowili najliczniejszą grupę wyznaniową w wielowyznaniowej Jugosławii). W pierwszych latach istnienia socjalistycznej Jugosławii Serbski Kościół Prawosławny cieszył się znaczną niezależnością. Do lat 70.