Od 1380 stał się świątynią parafialną.
W 1534 zawitała do Bergen auf Rügen reformacja; kościół stał się od tego czasu świątynią luterańską a klasztor przeszedł w posiadanie książąt pomorskich.
W latach 1896–1903 odrestaurowano malowidła ścienne.
4 maja 1945 Rugię bez walki zajęły oddziały Amii Czerwonej, dzięki czemu miasto i kościół uniknęły zniszczeń.
W 2004 kościół Mariacki został wpisany na listę Europejskiego Szlaku Gotyku Ceglanego.
W 2005 kościół Mariacki został objęty programem „National wertvolle Kulturdenkmäler” („Wartościowe pomniki kultury narodowej”).
Wyposażenie mały|lewo|Płyta nagrobna Elżbiety wołogoskiej Najcenniejszym elementem wyposażenia kościoła jest pochodzący z 1250 romański kielich pokryty w całości złotym filigranem oraz chrzcielnica z XIV w.
We wschodnią ścianę zachodniej kruchty tego kościoła, w lewej jej części wtórnie (prawdopodobnie w 1897) została wmurowana wapienna płyta nagrobna opatki Elżbiety, żyjącej w latach ok. 1420-1473, z dynastii Gryfitów, pochodząca z ok. 1473 r., która pierwotnie znajdowała się w prezbiterium kościołaDie Inschriften des Landkreises Rügen, zebrał i oprac. J. Zdrenka, Berlin–Wiesbaden 2002, s. 41-42;