Rzeka posiada dużą zlewnię, co powoduje, że w okresie zimowych deszczów powodowała ona częste powodzie we wschodnich dzielnicach Tel Awiwu. Aby zmniejszyć uciążliwość rzeki, w 1955 w górnym biegu rzeki wybudowano tamę i zbiornik retencyjny o pojemności 7 milionów m³ wody. Na początku lat 90. XX wieku zrealizowano projekt regulacji jej koryta. Pomimo to zdarza się, że Ajjalon wylewa powodując lokalne podtopienia (zimy 1991-92, i 1992-93).
Istnieją plany zmiany koryta rzeki i wybudowanie nowego ujścia do Morza Śródziemnego w rejonie Jafy. Istnieją jednak duże obawy zanieczyszczenia wybrzeża i dużych szkód ekologicznych.
Zanieczyszczenie Wody rzeki Ajjalon są mocno zanieczyszczone, najmocniej w rejonie Tel Awiwu. Wynika to z faktu zrzucania do rzeki ścieków z miasta Modi’in Illit i Portu lotniczego Tel Awiw-Ben Gurion. Dodatkowym czynnikiem zanieczyszczającym są nawozy rolnicze wypłukiwane z pól oraz ścieki z osiedli w dolinie Ajjalon. Wszystkie te czynniki wpływają na poziom zanieczyszczeń w rzece.