Prezes Naczelnego Sądu Administracyjnego – jeden z organów Naczelnego Sądu Administracyjnego, obok Kolegium Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz Zgromadzenia Ogólnego Sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Stanowisko Prezes NSA jest powoływany przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej na sześcioletnią kadencję spośród dwóch kandydatów przedstawionych przez Zgromadzenie Ogólne NSA.
Kompetencje Prezesa NSA szczegółowo reguluje ustawa Prawo o ustroju sądów administracyjnychUstawa z dnia 25 lipca 2002 roku ().. Prezes NSA w szczególności stoi na czele tego Sądu, reprezentuje go na zewnątrz, kieruje jego pracami. Może wystąpić o podjęcie przez Naczelny Sąd Administracyjny uchwały wyjaśniającej przepisy prawne, których stosowanie wywołało rozbieżności w orzecznictwie sądów administracyjnych. Sprawuje także zwierzchni nadzór nad działalnością administracyjną sądów administracyjnych. W zakresie jego kompetencji znajduje się też tworzenie i znoszenie wydziałów w wojewódzkich sądach administracyjnych oraz określanie liczby sędziów i wiceprezesów tych sądów.
Spośród sędziów NSA (czynnych lub w stanie spoczynku) Prezes NSA wskazuje jednego członka Państwowej Komisji WyborczejArt. 157 § 2 ustawy z dnia 5 stycznia 2011 r. – Kodeks wyborczy. ()..