W 1872 roku Szepielew miał zostać mnichem. Namiestnik Ławry Pieczerskiej, archimandryta Warłaam, wybrał mu imię Filaret (na cześć wychowawcy Szepielewa), jednak w dniu postrzyżyn Szepielewa, 13 kwietnia 1872 roku (Wielki Czwartek), podczas uroczystości zmienił je na Aleksy. 12 września 1872 roku o. Aleksy został przeniesiony do Pierwszego Szpitalnego Monasteru Nikołajewskiego.
Monaster szpitalny podlegał bezpośrednio Soborowi Duchownemu Ławry Pieczerskiej. Aleksy miał pełnić w nim funkcję pisarza (записчик). 23 listopada 1973 roku Aleksy został mianowany hierodiakonem. 23 grudnia 1874 roku Szepielew został zakrystianinem (ризничий). Pobyt Aleksego w Monasterze Nikołajewskim upamiętnia srebrny kielich z napisem: Świętej pamięci hierodiakona Aleksego (Szepielewa), podarowany za życia przez Szepielewa cerkwi przy Monasterze Nikołajewskim. 6 grudnia 1875 roku Aleksy został wyświęcony przez metropolitę Arseniusza na hieromnicha. 20 sierpnia 1879 roku Szepielewa przeniesiono z Monasteru Nikołajewskiego do Bliskich Pieczar Ławry Pieczerskiej. Jego praca polegała na pilnowaniu porządku przy relikwiarzach ze szczątkami świętych oraz opiekowaniu się pielgrzymami. W Bliskich Pieczarach Ławry Pieczerskiej Aleksy spędził ponad sześć lat. Za swoją pracę został odznaczony przez Święty Synod krzyżem.