Pateryk przypisuje Agapitowi uzdrowienie Włodzimierza Monomacha, księcia czernihowskiego (1078–1093), przyszłego wielkiego księcia kijowskiego. Do ihumena monasteru, Jonasza, przybył goniec Monomacha z prośbą o przysłanie do Czernihowa Agapita. Jednak lekarz odmówił, argumentując to tym, że nie przekroczy bramy monasteru dla sławy ludzkiej i jeżeli pójdzie do księcia, to w przyszłości będzie musiał odwiedzać wszystkich swoich chorych. Przekazał Monomachowi przez posła zioła. W podzięce za uzdrowienie, książę przybył do klasztoru z bogatymi darami, Agapit jednak ukrył się przed wzrokiem Monomacha. Druga próba obdarowania Agapita za pośrednictwem bojara również nie powiodła się, gdyż lekarz wyniósł złoto przed bramę monasteru.
Wiosną 1095 r. Agapit zachorował. Zmarł 1 (14) czerwca 1095 r. Został pochowany w Bliższych Pieczarach obok Antoniego Pieczerskiego. Przy grobie Agapita została ustanowiona ikona z napisem: Święty mnich Agapit Pieczerski – lekarz bezinteresowny (Прп. Агапит Печерский – врач безмездный).
Cuda Agapita Pieczerskiego Cerkiew prawosławna przypisuje Agapitowi dar uzdrawiania za pomocą modlitwy oraz dar prorokowania.