Kanonizacja i kult Agapita mały|Znaczek pocztowy o nominale 200 hrywien z wizerunkiem św. Agapita Agapit został uznany za świętego czczonego lokalnie w pierwszej połowie XIII wieku, w okresie, kiedy spisywany był Pateryk. W 1643 r. metropolita Piotr Mohyła ustanowił uroczystość świętych ojców, spoczywających w Bliższych Pieczarach. W menologium (месяцеслов) Szymona (Azaryna) z połowy XVII w. imię Agapita Pieczerskiego było zapisane pod datą 31 maja. Ukazy Świątobliwego Synodu Rządzącego z lat 1762, 1775 i 1784 włączyły imię świętego do kalendarza prawosławnego. We współczesnym Typikonie Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej imię Agapita nie zostało uwzględnione. Na jego cześć został ułożony akatyst. Zgodnie z kanonem Cerkwi prawosławnej Agapit należy do Soboru Świętych Starców Pieczerskich (Собор преподобных старцев Печерских), pochowanych w Bliższych Pieczarach. Ich święto przypada na 28 września (11 października). Agapit zaliczony został także do Soboru Wszystkich Świętych Ojców Kijowsko-Pieczerskich (Собор всех преподобных отцов Киево-Печерских). Wspomnienie ich obchodzone jest w drugą niedzielę wielkiego postu.
Najstarsze zachowane wizerunki Agapita to grawiury z XVII–XVIII wieku. Pierwszy portret świętego został wydrukowany w 1661 r. w jednym z wydań Pateryka.