W czasie wojny Kruklanki zostały w znacznym stopniu zniszczone.
W okresie II wojny światowej powstał w okolicy Kruklanek system umocnień zbudowany z bunkrów żelbetowych i rowów, wchodzący w skład Giżyckiego Rejonu Umocnionego (GRU).
Jak w całym GRU, tak i na terenie kruklaneckim wykorzystano naturalne przeszkody terenowe – lasy, jeziora, przesmyki, pagórki. Ten silnie ufortyfikowany teren nie odegrał większej roli w czasie II wojny światowej. Zastosowane przez Armię Czerwoną manewry oskrzydlające spowodowały szybkie wycofanie się wojsk niemieckich.
6 października 1944 roku do Kruklanek przywieziony został pociągiem generał Tadeusz Bór-Komorowski. Himmler w pobliskiej swojej kwaterze polowej chciał podjąć z generałem rozmowy na temat współpracy. Do rozmów jednak nie doszło dzięki postawie generała Bora.
Piotr Skurzyński „Warmia, Mazury, Suwalszczyzna” Wyd. Sport i Turystyka – Muza S.A. Warszawa 2004 s. 279. Tej miejscowej legendy nie potwierdzają jakiekolwiek źródła historyczne z epoki.