Nieco więcej wiadomo o jej działalności na polu filozofii, szczególnie dzięki listom jej ucznia Synezjusza z Cyreny, biskupa Ptolemaidy. Utworzyła wokół siebie krąg oddanych uczniów, wspólnotę dążącą do wiedzy i poznania natury rzeczywistości, opierając się na filozofii pitagorejsko-platońskiej. Hypatia wymagała od siebie i swych uczniów wysiłku umysłu, woli i wyrzeczeń. Jednocześnie jej postawa była tolerancyjna i odznaczała się otwartym spojrzeniem na problemy filozoficzne. Wśród jej uczniów byli chrześcijanie i poganie, pochodzący nie tylko z Aleksandrii i Egiptu, ale z Syrii, Cylicji i Konstantynopola. Jej uczniowie odpłacali jej przywiązaniem i miłością długo po osiągnięciu samodzielności, a nawet wysokich godności kościelnych.
Choć filozoficzny krąg jej uczniów miał charakter elitarny, Hypatia wykładała również publicznie matematykę i astronomięMaria Dzielska, Hypatia z Aleksandrii, Universitas, Kraków 2006, wydanie drugie, poprawione, s. 78.. Wykłady prowadziła w swym domu, przed którym zbierały się tłumy entuzjastów, i w miejskich salach wykładowych. Często jeździła powozem, zatrzymywała się po drodze w instytucjach publicznych, rozmawiała z urzędnikami i dostojnikami. Była niezwykle szanowana wśród swoich zwolenników i uchodziła za autorytet moralny.