Od 1940 roku losy Związku toczyły się dwutorowo. Działał w okupowanym Kraju i na emigracji, głównie w Londynie, gdzie w 1947 roku oficjalnie zawiązane zostaje Koła Filistrów Arkonii na Obczyźnie. Po II wojnie światowej, w okresie PRL członkowie Związku przebywający w kraju spotykali się potajemnie. Gromadzono pamiątki, starano się pomagać prześladowanym członkom i ich rodzinom. W 1959 roku zorganizowano obchody 80-lecia Arkonii, w wyniku których wielu z członków otrzymało wezwanie do stawienia się w prokuraturze. Części z nich przedstawiono zarzut dążenia do utworzenia nielegalnej organizacji pod nazwą „Arkonia” i współdziałania w uaktywnieniu jej działalności. W 1969 roku, z okazji 90-lecia Arkonii ufundowano w kościele św. Marcina w Warszawie tablicę pamiątkową ku czci poległych i pomordowanych członków korporacji. Rok 1979 stał pod znakiem przygotowań do uroczystości 100. rocznicy założenia Korporacji Akademickiej Arkonia, które zorganizowano zarówno w Londynie jak i w Warszawie. Wspólnym wysiłkiem obu części Związku wydano również jubileuszową Księgę Pamiątkową. Od 1979 roku działania koleżeńskie uległy intensyfikacji, a doroczne spotkania w Kraju odbywały się bardziej jawnie. W 1988 roku tablicę „Ku pamięci Naszych Braci pomordowanych na Wschodzie” umieszczono na kościele św.