Gdy komandor ginie dwa miesiące po śmierci Sarena, Alenko pozostaje w wojsku i otrzymuje awans na kapitana. Przymierze wysyła go do kolonii na planecie Horyzont, gdzie nadzorować ma instalację dział obronnych. Gdy kolonia zostaje zaatakowana przez Zbieraczy, pojawia się Shepard, chcący udaremnić porwanie kolonistów. Komandor proponuje Alence ponowne przyłączenie się do jego drużyny, ten jednak odmawia, ponieważ Shepard tymczasowo pracuje z organizacją Cerberus, będącą w konflikcie z Przymierzem.
Po wydarzeniach na Horyzoncie Alenko zostaje promowany na majora i przyjmuje propozycję zostania instruktorem 1. Zespołu Biotyków do Zadań Specjalnych. Kilka miesięcy później w Vancouver spotyka Sheparda; chwilę po ich spotkaniu Ziemia zostaje zaatakowana przez Żniwiarzy. Alenko wraz z Shepardem i Jamesem Vegą otrzymują rozkaz udania się na Cytadelę, aby zdobyć wsparcie Rady. Przed opuszczeniem Układu Słonecznego wysłani zostają na Marsa, gdzie mają spotkać się z doktor Liarą T’Soni, która przeszukując marsjańskie archiwa protean natrafiła na schematy urządzenia mogącego być superbronią zdolną zniszczyć Żniwiarzy. Alenko odnosi poważne obrażenia w walce z agentami Cerberusa, którzy również chcą zdobyć schematy.