W czasie generał-gubernatorstwa Aleksandra Imeretyńskiego Podgorodnikow był pomocnikiem i kierownikiem jego kancelarii, a także zastępcą generał-gubernatora warszawskiego. Imeretyński, wyróżniający się swoją energią i pomysłami w zarządzie Królestwem, obciążył Podgorodnikowa pracą urzędową. Podgorodnikow podzielał punkt widzenia Imeretyńskiego, iż kwestia robotnicza stanowi większe niebezpieczeństwo dla interesów rządu carsiego w Kongresówce, aniżeli niepodległościowe aspiracje Polaków. Po śmierci ks. Imeretyńskiego od 30 listopada 1900 do wiosny 1901 Podgorodnikow pełnił obowiązki warszawskiego generał-gubernatora.
Od 1901 do 1905 Podgorodnikow był zastępcą generał-gubernatora Michaiła Czertkowa. W marcu 1905 jako p.o. generał-gubernatora warszawski wydał proklamację, która groziła grzywną do pięciuset rubli lub trzema miesiącami aresztu osobom biorącym udział w akcji wprowadzania języka polskiego do instytucji gminnych.
W Królestwie Polskim zajmował następujące stanowiska: 1880 – urzędnik do specjalnych poruczeń w kancelarii warszawskiego generał-gubernatora; 1884–1885 – wicegubernator kielecki; 1885–1892 – wicegubernator piotrkowski; 1892–1895 – gubernator suwalski; 1895–1899 – gubernator radomski; 1899–1910 – pomocnik generał-gubernatora warszawskiego do spraw cywilnych.