Wiek XVI–XVII thumb|240px|Organy kościelne Okres reformacji przyniósł straty w dobrach kościelnych – w 1568 rozgrabiono kościół parafialny w Gorzkowie, zamieniając go na zbór kalwiński (budynek zniszczono doszczętnie po roku 1604). Dopiero kontrreformacja w czasach Zygmunta III Wazy przyniosła nawrót szlachty na katolicyzmA. Kossowski, Protestantyzm w Lublinie i Lubelskiem w XVI – XVII w., Lublin 1933, str. 99. W 1623 ówczesny, nawrócony na katolicyzm, dziedzic wsi – Stanisław Gorzkowski – zbudował na terenach z obszaru wsi Gorzkowa (opisanych w akcie fundacyjnym złożonym w Krasnostawskim Sądzie Ziemskim) nowy kościół murowanyGórak J., Miasta i miasteczka Zamojszczyzny, Zamość 1990. Akt erekcyjny kościoła nabrał mocy urzędowej po zatwierdzeniu w 1626 przez biskupa chełmskiego Macieja Łubieńskiego. Wobec antykatolickiej działalności rodziny Sobieskich, protestanckich właścicieli Chorupnika oraz części Gorzkowa, od roku 1639 parafia chorupnicka (Chorupnik, Wiśniów, Borów i Borówek) wcielona została do parafii gorzkowskiej, zaś ówczesny proboszcz gorzkowski – ksiądz Marcin Rybułtowicz, po ugodzie z Sobieskimi w Lubelskim Trybunale Koronnym, uzyskał znaczące rekompensaty za zniszczenia dóbr kościelnych w Chorupniku. Ponowna konsekracja kościoła pw. św.