Christ Church odegrał ważną rolę podczas angielskiej wojny domowej. Prawie wiek po wzniesieniu, przez cztery lata jego mury były schronieniem króla Karola I, który zmuszony był uciekać ze stolicy przed wrogą sobie frakcją parlamentarzystów. Jadalnia Christ Church stała się miejscem obrad królewskiego parlamentu, a rezydencja dziekana – królewskim pałacem. Rodzina królewska do dziś nie zrzekła się praw do części kolegium zamieszkanej przez dziekana i jego rodzinę. Dziekańska rezydencja oficjalnie pozostaje niezamieszkanym Pałacem Królewskim, a na jej wieży znajduje się maszt, na który wciąga się flagę Zjednoczonego Królestwa tylko podczas wizyt panującego monarchy.
Kiedy syn Karola I, Karol II, został przywrócony na tron w 1660 roku, ukończono majestatyczny Tom Quad – kwadratowy plac, wokół którego stoją główne budynki kolegium. Wtedy ukończono też Tom Tower, wieżę bramną, stanowiącą główne wejście do kolegium. Tom Quad do dziś jest największym placem we wszystkich oksfordzkich kolegiach i jednym z najsłynniejszych miejsc na Uniwersytecie.
W 1717 rozpoczęto budowę biblioteki, którą zakończono w 1772 roku. W 2006 roku zbiory biblioteki wynosiły 72 000 książek.