Wojna domowa w Burundi – konflikt wewnętrzny o charakterze etnicznym, toczący się w Burundi w latach 1993–2005.
Blisko dwunastoletnia wojna domowa była konsekwencją antagonizmu pomiędzy dominującą liczebnie grupą etniczną Hutu a mniejszością Tutsi, narastającego od momentu uzyskania niepodległości w 1962 roku. Po latach niepodzielnych rządów Tutsi, na przełomie lat 80. i 90. XX wieku zainicjowany został proces demokratyzacji, co doprowadziło do objęcia władzy w państwie przez Melchiora Ndadaye (Hutu) i wspierającą go partię FRODEBU. Zdominowana przez Tutsi armia nie pogodziła się jednak z utratą władzy i w październiku 1993 podjęła próbę zamachu stanu, w której trakcie zabito prezydenta i kilku jego najbliższych współpracowników. Śmierć Ndadaye sprowokowała wzajemne pogromy na tle etnicznym i doprowadziła do destabilizacji państwa. Mimo prób znalezienia pokojowego rozwiązania konfliktu, podejmowanych w latach 1993–1996, sytuacja polityczna w Burundi stale się pogarszała, co doprowadziło ostatecznie do wybuchu otwartej wojny pomiędzy zdominowaną przez Tutsi armią a partyzanckimi ugrupowaniami Hutu. Liczba ofiar konfliktu szacowana jest na ok.