O ile Rwanda była w okresie przedkolonialnym państwem silnie scentralizowanym, a władza tamtejszego monarchy była jednoznacznie utożsamiana z dominacją Tutsi, o tyle w Burundi realną władzę sprawowali „książęta krwi”, podczas gdy monarcha (mwami) już od lat 50. XIX wieku odgrywał rolę primus inter pares. W efekcie życie polityczne Burundi w okresie kolonialnym oraz u progu niepodległości nie było zdominowane przez antagonizmy etniczne, lecz przez zaciekłą rywalizację dwóch klanów ganwa – Bezi i Batare. Ruch niepodległościowy, który narodził się w Burundi po zakończeniu II wojny światowej, propagował hasła jedności ponadplemiennej. W rezultacie Burundi rozpoczęło niepodległy byt jako monarchia konstytucyjna, w której duże wpływy zachowali Tutsi.
Antagonizm etniczny w pierwszych dekadach niepodległości Pod wpływem szeregu czynników – zarówno wewnętrznych, jak też zewnętrznych – w niepodległym Burundi relacje pomiędzy obiema grupami etnicznymi uległy szybko gwałtownemu pogorszeniu. Nieudana próba zamachu stanu, podjęta przez grupę oficerów Hutu w październiku 1965, umożliwiła kontrolowanej przez Tutsi armii zdobycie dominującego wpływu na sprawy państwa. Po kilkumiesięcznym okresie trudnej koabitacji wojsko obaliło monarchię i proklamowało powstanie tzw. Pierwszej Republiki (28 listopada 1966).