Uczestnik wojny obronnej we wrześniu 1939.

W trakcie okupacji zastępca komendanta formacji „Korpus Zachodni”, tworzonej od 1941 przez Związek Walki Zbrojnej z przesiedlonych mieszkańców Wielkopolski i Pomorza. W połowie 1941 wyznaczony przez gen. Stefana Roweckiego komendantem Okręgu AK w Rzeszy (mającego zajmować się polskimi robotnikami i jeńcami). Jednak jak wynika z meldunków, Rataj nie wyjechał do Berlina, i nie objął dowództwa z powodu choroby.

Związany z konspiracją Stronnictwa Narodowego. Od lipca 1944 komendant okręgu warszawskiego Narodowej Organizacji Wojskowej.

W trakcie Powstania Warszawskiego, dowódca odwodu Okręgu Warszawskiego AK, tworzącego od 3 sierpnia Zgrupowanie „Paweł” (batalion NOW-AK „Antoni” oraz Batalion „Wigry”) podporządkowanego Zgrupowaniu „Radosław”. Od 2 sierpnia walczył na Woli w rejonie cmentarzy, 6 sierpnia wycofując się na Stare Miasto. Od 13 sierpnia był dowódcą odcinka północnego, w Grupie AK Północ. Po przejściu do Śródmieścia, 5 września objął dowództwo zachodniego odcinka obrony, zaś od 20 września objął dowództwo 15 pułku piechoty „Wilków” AK. Po upadku powstania, jeniec Stalagu VIII-B/344 Lamsdorf i Oflagu VII A Murnau, według innych źródeł przebywał w Oflagu II C Woldenberg.