Obszary nizinne są niewielkie i mają aluwialną postać. W południowo-wschodniej części Honsiu rozciąga się równina Kantō (13 tys. km²) – największy japoński obszar nizinny, w którego południowej części, nad Zatoką Tokijską, leży stolica państwa – Tokio. Obszary nizinne skupiają się w strefie wybrzeża, a do pozostałych obszarów nizinnych należą trzeciorzędowe tarasy. Poza nimi występują także dna śródgórskich kotlin i dolin, często tektonicznego pochodzenia. Tereny górzyste, które stanowią zdecydowaną większość, wznoszą się średnio na 2000 m n.p.m. Na terytorium Japonii znajduje się około 600 szczytów o wysokości przekraczającej 2000 m n.p.m., wśród nich znaczna jest liczba stożków wulkanicznych. Około 50% powierzchni leży powyżej 500 m n.p.m. Pasma górskie, przeważnie o przebiegu południkowym, są rozdzielone kotlinami tektonicznymi.
W rzeźbie Japonii można wyróżnić cztery główne regiony: