Japonia jest bardzo aktywnym sejsmicznie obszarem – występuje tu najwięcej na świecie trzęsień ziemi. Rocznie występuje około 1000 trzęsień ziemi o różnej skali i sile. Zdecydowana większość z nich jest na tyle słaba, że rejestrują je tylko czułe sejsmografy. Co kilka lat trzęsienia ziemi mają charakter katastrofalny. Trzęsienie ziemi w 1923 roku pochłonęło 140 tys. ofiar (głównie w Tokio i Jokohamie). Do katastrofalnego trzęsienia ziemi doszło w Kobe w 1995 roku, gdzie zginęło ponad 6 tys. osób. Spowodowało ono przy tym ogromne zniszczenia, mimo stosowania nowoczesnych technologii i materiałów w budownictwie. Kolejne, tragiczne w skutkach, trzęsienie ziemi u wybrzeży Honsiu miało miejsce 11 marca 2011 roku. Słabsze trzęsienia miały miejsce w 2016 roku w Kumamoto na Kiusiu i w 2018 roku w Iburi na Hokkaido.
Podmorskie trzęsienia ziemi są przyczyną powstawania fal morskich zwanych tsunami o wysokości nawet do 30 m, powodujących katastrofalne powodzie. Główne epicentra trzęsień dna znajdują się pomiędzy północno-wschodnim wybrzeżem Honsiu i głębią Rowu Japońskiego.