Istotne znaczenie obronne miał także system stawów założonych na przedpolach fortyfikacji miejskich w rejonie zamku biskupiego, fosy, kanały, jak również rzeki Nysa Kłodzka i Biała Głuchołaska.
W marcu 1428 r. te silne systemy obronne dość dobrze zdały egzamin w okresie wojen husyckich, ratując miasto i jego mieszkańców przed husytami, których łupem padło w tym czasie wiele innych miast śląskich.
W XVI w., w związku z zagrożeniem tureckim, przeprowadzono modernizację murów miejskich, a Wieża Bramy Wrocławskiej otrzymała wówczas nadbudowę ze strzelnicami artyleryjskimi.
Walory obronne murów miejskich doceniano jeszcze w początkach XVIII w. Zostały one wówczas ponownie wyremontowane, mimo że miasto było już otoczone nowożytnymi fortyfikacjami bastionowymi (zob. Twierdza Nysa).
Mury miejskie Nysy rozebrano niemal całkowicie dopiero w drugiej połowie XIX w. i pierwszych latach XX w. Zachowały się jednak niektóre elementy średniowiecznego systemu obronnego, przede wszystkim dwie wysokie wieże: Ziębicka i Wrocławska.