W grudniu 1945 powrócił do kraju. Objął stanowisko szefa Oddziału II Sztabu Generalnego. Od czerwca 1947 łączył obowiązki szefa wywiadu wojskowego z funkcją naczelnika Wydziału II Samodzielnego Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego. Od 17 lipca 1947 dodatkowo pełnił funkcję dyrektora Departamentu VII Ministerstwa Bezpieczeństwa PublicznegoZbigniew Siemiątkowski „Wywiad a władza. Wywiad cywilny w systemie sprawowania władzy politycznej PRL” Instytut Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego 2009, , str. 84. W 1946 awansowany do stopnia generała brygady. Po II plenum Komitetu Centralnego PZPR, na którym usunięto z KC m.in. Władysława Gomułkę i Mariana Spychalskiego, 5 czerwca 1950 Wacław Komar został odwołany ze stanowiska dyrektora departamentu, a następnie ze stanowiska szefa Oddziału II Sztabu Generalnego WP. W wywiadzie przeprowadzono czystkę, usuwając z niego pracowników bliskich Komarowi, głównie pochodzenia żydowskiego i weteranów walk w HiszpaniiZbigniew Siemiątkowski „Wywiad a władza. Wywiad cywilny w systemie sprawowania władzy politycznej PRL” Instytut Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego 2009, , str. 86. 6 lipca 1951 został Głównym Kwatermistrzem Wojska Polskiego.
W latach 1945–1948 członek Polskiej Partii Robotniczej. W 1948 wstąpił do Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej.