Najdłużej samolotów używano w Szwajcarii, gdzie wycofano je dopiero w 1959 roku, a w Finlandii w 1952 roku.
Użycie w lotnictwie polskim W lipcu 1939 roku Polska rozpoczęła starania o nabycie we Francji nowoczesnych myśliwców, aczkolwiek przede wszystkim dotyczące najnowszych Dewoitine D.520, zamiast których Francja początkowo była gotowa zaoferować 10 MS 406. Dopiero 4 sierpnia polskie władze wyraziły zainteresowanie nabyciem samolotów MS 406, po czym francuski rząd 8 sierpnia wyraził zgodę na sprzedaż 160 egzemplarzy z zasobów lotnictwa francuskiego, w tym pierwsze 10 niezwłocznie i po 25 z dostawą do 15 września i 1 października. Z powodu niedoborów działek, miały być one uzbrojone tymczasowo w trzy karabiny maszynowe. 10 sierpnia w locie testowym na MS 406 we Francji zginął w wypadku z przyczyn technicznych kpt. Andrzej Włodarkiewicz. Ostatecznie umowę na zakup 120 samolotów MS 406, przy wykorzystaniu kredytu francuskiego, podpisano 18 sierpnia. Pierwsza partia 20 samolotów miała wyruszyć do Polski 29–30 sierpnia statkiem z innym materiałem wojennym, lecz załoga wynajętego norweskiego statku „Victo” odmówiła transportu materiałów wybuchowych, co spowodowało konieczność szukania innych rozwiązań.