Nie wszystkie samoloty uzbrojone jednak były w działka.
Już w trakcie eksploatacji pierwszych egzemplarzy seryjnych dokonywano poprawek konstrukcji w związku z ujawnianymi wadami, m.in. w październiku 1939 roku opancerzono kabinę pilota i wzmocniono konstrukcję kadłuba oraz usterzenie.
We wrześniu 1938 roku licencję na budowę samolotu MS.406C1 wykupiła Szwajcaria, która od września 1939 roku do lipca 1940 roku wyprodukowała w zakładach EFW (Eigenossiches Flugzeugwerk) w Emmen 80 samolotów oznaczonych jako D-3800. W późniejszych latach produkowano zmodyfikowaną wersję D-3801.
Samoloty Morane-Saulnier MS.406C1 oprócz lotnictwa francuskiego zamówiła także Polska w liczbie 120 sztuk, samoloty te jednak nie dotarły z powodu wybuchu II wojny światowej. Samoloty wyruszyły już do Polski drogą morską do rumuńskiego portu w Konstancy, lecz zostały zawrócone do Francji. Ponadto samoloty te zostały zamówione przez kilka innych krajów, m.in. Litwę (13 sztuk), Chiny (12 sztuk), Jugosławię (25 sztuk), Turcję (45 sztuk), Finlandię (30 sztuk), lecz dotarły tylko do dwóch ostatnich, pozostałe ich nie otrzymały.