początkowo przetrzymywany w czeskiej twierdzy Josephstadt, potem w Pradze. Prowadzono szerokie śledztwo, próbując wykazać związki Piattolego z Francją; bez powodzenia interweniowali w sprawie jego uwolnienia Stanisław August, książę Józef Poniatowski, Napoleon. W więzieniu pracował nad „powszechną bibliografią wiedzy ludzkiej” oraz przygotowywał nowe wizje polityczne. Został ostatecznie uwolniony wiosną 1800 dzięki wpływom Adama Jerzego Czartoryskiego oraz księżnej kurlandzkiej Doroty (żony Piotra Birona), z którą utrzymywał kontakt jeszcze od czasu działań nad rozwiązaniem kwestii lenna kurlandzkiego w 1792.